Dopo che la coda dell'aereo cade nell'acqua vicino alla spiaggia, i sopravvissuti nuotano verso la riva. Un bambino con un orso indica sua sorella che galleggia nell'acqua. Un uomo di colore con un vestito elegante (Mr. Eko) la trae in salvo e una donna ispanica (Ana-Lucia Cortez) le fà un massaggio cardiaco, salvandole la vita.

Un uomo arriva dalla giungla chiedendo aiuto e dice che c'e' un uomo ancora vivo su un albero. L'uomo, che dice di chiamarsi Goodwin, porta Ana da Bernard, che è ancora allacciato con la cintura di sicurezza al sedile dell'aereo, bloccato tra i rami di un albero. Ana lo convince ad aggraparsi ad un ramo, proprio prima che la sua poltrona precipitasse al suolo. Tornato alla spiaggia, Goodwin, che afferma di appartenere all'"Esercito della salvezza", accende un falò per segnalare la loro presenza. Bernard chiede ad Eko se ha visto una donna afro-americana tra i cadaveri, che potrebbe essere sua moglie Rose che non riesce a trovare; Eko gli dice di no, e che pregherà per lei e per la sua salvezza. Quella notte, tre adulti vengono catturati e Eko uccide due degli Altri con una pietra quando questi tentano di catturarlo. Da quella notte in poi, Eko si rifiuta di parlare per quaranta giorni nel tentativo di espiare la sua colpa.

Un sopravvissuto, che si identifica come Nathan, suggerisce di rimanere sulla spiaggia ed il gruppo concorda con lui. Il quinto giorno, un uomo muore per via di una ferita alla gamba e il suo cadavere viene bruciato. Il dodicesimo giorno, gli Altri prendono altre nove persone, compresi due bambini. Ana uccide uno degli Altri, il quale ha con sè un vecchio coltello e una lista di nove persone da rapire con le loro descrizioni.

I sopravvissuti decidono di dirigersi verso la giungla. Si appostano vicino ad una sorgente di acqua potabile e ad alcuni alberi da frutto. Ana scava una buca che trasforma in una gabbia. Non appena pronta, mette KO Nathan e lo butta nella gabbia. Lo interroga, credendo che sia uno dei rapitori dei bambini, per via delle sue assenze senza spiegazioni e per il fatto che nessuna persona sembra ricordare di averlo visto sull'aereo. Quando gli viene chiesto da dove proviene, l'uomo risponde "Canada". Ana cerca di ottenere informazioni da lui non dandogli più da mangiare, chiedendo di sapere dove si trovano i bambini, ma un altro membro del gruppo gli porta da mangiare di nascosto quando lei non lo controlla. Ana dice a Goodwin che intende iniziare a torturare Nathan il giorno successivo. Quella notte, Goodwin libera Nathan, avvertendolo del piano di Ana; quando Natahan si gira per scappare, Goodwin gli spezza il collo, uccidendolo.

I sopravvissuti si muovono ancora e trovano un bunker con il logo della DHARMA, con una freccia nel centro. Dentro una scatola trovano un occhio di vetro, una Bibbia ed una radio. Goodwin e Ana vanno sulle colline per cercare di prendere il segnale. Mentre si trovano lì, Ana rivela a Goodwin di essere a conoscenza che lui è uno degli Altri, perchè il primo giorno è uscito dalla giungla con i vestiti completamente asciutti, dieci minuti dopo che l'aereo era caduto in acqua. Goodwin ammette di aver ucciso Nathan e conferma che i bambini sono ancora vivi, dicendo che è meglio che siano lì dove si trovano. Dice inoltre che quelli catturati erano "buone persone" e che Nathan non era nella lista perchè era una "cattiva persona". I due lottano per il coltello; rotolano giù per la collina e Ana impala Goodwin su un bastone appuntito.

Ana ritorna dai compagni e dice: "Siamo sicuri qui, adesso", ma non rivela che ha ucciso Goowin. Nel quarantunesimo giorno, Bernard sente Boone alla radio (vedi episodio 1x19 Deus Ex Machina), e risponde alla frase di Boone ("Siamo i soporavvissuti dell'incidente del volo Oceanic 815") dicendo "Noi siamo i soporavvissuti del volo 815". Prima che la conversazione possa andare avanti, Ana spegne la radio, chiudendo la trasmissione che pensa essere un altro trucco degli Altri. "Loro sanno che ci trovavamo sul volo 815" dice agli altri "Questa e' la nostra vita ora". Si apparta e piange, e Eko, che parla per la prima volta dalla notte in cui era stato quasi rapito, gli dice che tutto andrà bene. Lei chiede come mai ci avesse messo 40 giorni per parlare e lui le risponde chiedendo perche ci avesse messo 40 giorni per piangere.

Subito dopo, Cindy e Libby trovano Jin svenuto sdraiato sulla riva. Dopo averlo portato via dall'acqua, lo legano e gli coprono gli occhi mentre cercano di capire chi sia. Mentre Eko e Ana discutono, Jin si libera e scappa verso la spiaggia, da quel momento il flashback dei sopravvissuti della sezione coda finisce, mostrando gli eventi già visti nell'episodio Alla deriva.

Il resto degli altri 48 giorni viene mostrato come un montaggio delle cose già viste, inclusa la parte in cui avviene l'incontro con Jin, Sawyer e Michael, la camminata verso il rifugio, la malattia di Sawyer, Cindy che sente i sussurri nella foresta proprio un attimo prima che venisse catturata e lo sparo con cui Ana-Lucia uccide Shannon.